A partir do segundo ano, os estudantes são incentivados a participar de programas de iniciação científica, nos diversos projetos de pesquisa desenvolvidos na Área de Engenharia de Produção, permitindo, assim, uma maior proximidade entre a graduação e a pós-graduação.
Os alunos desenvolvem projetos de pesquisa aonde têm a oportunidade de trabalhar junto de alunos de pós-graduação, com métodos de desenvolvimento científicos e com a geração de novos conhecimentos.
Ele irá se engajar em um grupo de pesquisa do departamento de engenharia de produção, cujas pesquisas muitas envolvem: tecnicas avançadas e, em alguns casos, estão relacionados com trabalhos práticos em empresas.
Na convivência com doutorandos, mestrandos e professores do grupo de pesquisa, o aluno irá também iniciar seus contatos com o mundo profissional. É, portanto, uma das melhores oportunidades de se aprofundar em uma das áreas de atuação do engenheiro de produção.
O aluno poderá também participar de eventos científicos para apresentar o resultado de sua pesquisa, entrando em contato com pesquisadores do Brasil e do mundo. Por exemplo, há o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP , evento direcionado especificamente para alunos de iniciação científica, pioneiro no Brasil.
A iniciação científica é uma forma excelente de desenvolver habilidades de escrita de relatórios técnicos, leitura, capacidade analítica na solução de problemas e capacidade de apresentação.
Essas atividades podem ainda ser remuneradas, através de bolsas de agências de fomento como CNPq e FAPESP.
Os estudantes podem também participar de programas de iniciação científica no Departamento de Engenharia Mecânica e em outros Departamentos da Escola de Engenharia de São Carlos e do Instituto de Física, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação e Instituto de Química, caracterizando um alto grau de interdisciplinaridade em sua formação.