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O curso é de responsabilidade da Comissão Coordenadora do Curso de Engenharia de Produção – CoC-EP, formada por docentes de diferentes departamentos. A equipe é responsável pelo projeto pedagógico, matriz curricular, oferecimento de disciplinas e decisão sobre os aspectos metodológicos e pedagógicos do curso. Ela decide também pela elaboração de propostas de modificações, em um processo que garante a participação e emissão das manifestações dos Departamentos da EESC e todas as demais unidades da USP que participam do curso.
O principal papel na gestão e avaliação das condições do curso de Engenharia de Produção, sem retirar a responsabilidade dos demais agentes educacionais. Cabe aos Departamentos e seus respectivos professores a aplicação das diretrizes do curso traçadas pela CoC, bem como a elaboração de propostas de melhorias em suas diversas áreas de atuação e especialidades.
