O Departamento de Engenharia de Produção da EESC-USP ocupa dois prédios na área sul do Campus I. O prédio principal, onde o Departamento está instalado desde sua criação, em 2002, ocupa uma área de 1800 metros quadrados. O segundo prédio, que abriga a coordenação da Rede de Pesquisa Instituto Fábrica do Milênio, recém inaugurado, ocupa uma área de 1200 metros quadrados.
Além de áreas administrativas e salas de docentes, as instalações desses prédios são ocupadas por salas de aula, de projeto e ensino informatizado e laboratórios dos grupos de pesquisa. Os prédios do Departamento de Engenharia de Produção contam também com rede sem fio de alta velocidade. Os laboratórios do Departamento de Engenharia de Produção são espaços físicos que abrigam um ou mais grupos de pesquisa, formados pelos docentes, alunos de pós-graduação e iniciação científica. A divisão de laboratórios do Departamento de Engenharia de Produção é apresentada a seguir.